Beaucoup de botanistes considèrent que la systématique est synonyme de taxonomie. Au 19ème siècle, la taxonomie était définie comme «l’application des lois générales de la classification au règne végétal» (Richard, 1828) ou comme «la partie de la botanique qui traite de la classification» (Le Maout, 1846). La classification est pour ce dernier auteur la «distribution méthodique des plantes en différents groupes, nommés classes, familles, genres, espèces» . Plus récemment, pour Cronquist (1991), la taxonomie est : – soit l’ensemble des études ayant pour objectif la création d’un système de classification d’organismes afin de refléter au mieux leurs similitudes et leurs différences, – soit la classification elle-même. Pour Barroso (1978), la taxonomie consisterait à l’élaboration des règles de la classification. Daniel Pajaud (1990) considère que le terme taxinomie devrait être préféré à celui de taxonomie. En effet, les auteurs du mot taxonomie auraient utilisé, par erreur, le terme taxos qui signifie en grec if (Taxus baccata) au lieu de taxis qui signifie arrangement en grec. Ceruti (1980) pense que les deux termes taxonomie et systématique sont identiques ; c’est d’ailleurs le sens de la définition de Cronquist donnée ci-dessus où la taxonomie est constituée non seulement des règles et des études mais aussi de la classification elle-même.
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Les plantes dans le monde du vivant
Considérons le monde vivant organisé en arbre généalogique. Cet arbre généalogique est divisé en 2 grandes branches, respectivement et par ordre d’apparition sur la Terre : les Bactéries et les Eucaryotes, êtres vivants à cellules à noyau vrai : de l’ADN dans une enveloppe ; la position des Virus étant incertaine. Pour les amateurs de curiosités, certains organites contenus dans les cellules végétales ou animales sont des Bactéries. Il s’agit des mitochondries, organites produisant l’énergie nécessaire aux cellules animales et végétales, et des chloroplastes, les organites contenant la chlorophylle chez les cellules végétales. En effet, des bactéries aquatiques aptes à la photosynthèse, les Cyanobactéries, sont à l’origine des plantes auxquelles elles ont fourni les chloroplastes par endosymbiose. L’endosymbiose caractérise 2 individus, l’un vivant dans l’autre, sans relation de parasitisme mais dans le cadre d’échanges profitables à chacun : ce phénomène est courant dans le monde vivant. Si la lecture de l’arbre généalogique de la vie continue, les Eucaryotes, les êtres vivants à noyaux vrais, sont ensuite divisés en différentes branches. Après avoir mis à part certains Eucaryotes unicellulaires dont les relations avec les autres ne sont pas encore précises, restent seulement 5 branches : – une branche contenant les Animaux et les Champignons. Ces derniers auraient donc plus d’affinités avec les Animaux qu’avec les Plantes ou les Algues ! – les Algues rouges (les Rhodophycées), – un groupe (les Straménopiles) qui contient entre autres, les Algues brunes et les Diatomées, – un groupe (les Alvéolés) contenant des êtres vivants unicellulaires dont la surface cellulaire est sous-tendue par des séries de sacs ou d’alvéoles contigus, – et enfin, les Plantes vertes, êtres vivants verts car chlorophylliens. Les Plantes vertes comprennent tous les organismes appelés communément Algues vertes ainsi que les végétaux terrestres. Les Algues vertes telles que Chlamydomonas sont des algues d’eau douce plus rarement d’eaux saumâtres. Les Plantes vertes terrestres sont aussi appelées Embryophytes, plantes à embryons, car elles forment durant leur cycle de vie des embryons résultant de la fécondation de spores mâles et de spores femelles. Les végétaux terrestres incluent les Marchantiales et les Hépatiques, peu connues du public, les Mousses et, enfin, des plantes ayant en commun la présence de tissus conducteurs de la sève : les Trachéophytes. En conclusion, le terme de plantes dans le langage commun désigne les plantes vertes à tissus conducteurs, les Trachéophytes des scientifiques. En effet, il s’agit des Prêles, des Fougères et autres plantes alliées sans graine ainsi que les Plantes à graines, les Gymnospermes et les Angiospermes.