Beaucoup de botanistes considèrent que la systématique est synonyme de taxonomie. Au 19ème siècle, la taxonomie était définie comme «l’application des lois générales de la classification au règne végétal» (Richard, 1828) ou comme «la partie de la botanique qui traite de la classification» (Le Maout, 1846). La classification est pour ce dernier auteur la «distribution méthodique des plantes en différents groupes, nommés classes, familles, genres, espèces» . Plus récemment, pour Cronquist (1991), la taxonomie est : – soit l’ensemble des études ayant pour objectif la création d’un système de classification d’organismes afin de refléter au mieux leurs similitudes et leurs différences, – soit la classification elle-même. Pour Barroso (1978), la taxonomie consisterait à l’élaboration des règles de la classification. Daniel Pajaud (1990) considère que le terme taxinomie devrait être préféré à celui de taxonomie. En effet, les auteurs du mot taxonomie auraient utilisé, par erreur, le terme taxos qui signifie en grec if (Taxus baccata) au lieu de taxis qui signifie arrangement en grec. Ceruti (1980) pense que les deux termes taxonomie et systématique sont identiques ; c’est d’ailleurs le sens de la définition de Cronquist donnée ci-dessus où la taxonomie est constituée non seulement des règles et des études mais aussi de la classification elle-même.
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Les plantes sans fleur
Certaines plantes n’ont pas de vraies fleurs, c’est le cas des pins et des sapins. Les ovules ne sont pas protégés dans un ovaire et sont placés nus sous une écaille d’où leur nom Gymnospermes qui signifie graines nues. Il n’y a ni pétale ni sépale. L’ovule après la fécondation donnera bien une graine mais il n’y aura pas de fruit. D’autres plantes n’auront ni fleur ni graine, c’est le cas des fougères ou des prêles. Il n’y a pas de survie de l’espèce sous forme de graine et l’embryon devra avoir les conditions nécessaires à son développement juste après la fécondation sinon il mourra. Pour ces raisons, la répartition de ces plantes est souvent limitée à des zones humides.