Les vacuoles commencent à se former quand la phase embryonnaire de la cellule est finie et qu’elle commence à se différencier (se spécialiser). Elles sont entourées d’une simple membrane, appelée tonoplaste, et non pas de deux membranes comme les mitochondries ou les chloroplastes. Elles ne sont pas capables d’échanges extracellulaires comme l’appareil de Golgi mais jouent un rôle important dans l’accumulation de différentes substances de réserves : – des glucides, les sucres élèvent la pression osmotique sauf quand il s’agit de sucres à longues chaines tels que l’amidon, – des protéines, – de lipides, – des cristaux de sel tels que l’oxalate de calcium, – des alcaloïdes : atropine chez la Belladone, morphine et codéine chez le Pavot, strychnine chez la Noix vomique, nicotine chez le Tabac, caféine chez le Café et le Tabac, colchicine chez le Colchique, – des glucosides, composés de glucose : digitaline chez la Digitale, saponine chez la Saponaire, – enfin, des tanins et des pigments.
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Les ribosomes
Les ribosomes sont des granules présents dans les cellules eucaryotes et procaryotes et mesurent 0,015 microns de diamètre. Ils sont isolés dans le cytoplasme ou présents sur la membrane externe du réticulum endoplasmique. En effet, ils assemblent les acides aminés pour former les protéines qui vont ensuite dans le réticulum endoplasmique.
Le cytosquelette
Dans les cellules eucaryotes, le cytoplasme contient une sorte de châssis formé de microtubules et de différents types de filaments et de micro-filaments, qui constituent le cytosquelette. Le cytosquelette est à la fois l’ossature de la cellule et l’élément moteur de ses mouvements.
Le chloroplaste, une bactérie endosymbiotique caractéristique des végétaux
Les chloroplastes sont caractéristiques des cellules végétales. Ils sont verts et contiennent de la chlorophylle, pigment qui capte l’énergie solaire. Ils se multiplient indépendamment de la cellule par division ou par bourgeonnement. Ils contiennent de l’ADN. Comme les mitochondires, ils sont entourés d’une double membrane : l’une externe, l’autre interne délimitant un espace intérieur appelé stroma. Dans les végétaux supérieurs, la chlorophylle est contenue dans des grains ou granums empilés les uns sur les autres et reposant sur des lamelles. 
Les chloroplastes sont le site de la photosynthèse. Grâce à l’énergie solaire, les composés organiques sont fabriqués en utilisant de l’eau et du dioxyde de carbone et en libérant de l’oxygène.
La mitochondrie, une bactérie endosymbiotique
Les mitochondries sont des organites présents dans toutes les cellules eucaryotes. Elles ont une forme cylindrique de 0,5 microns de diamètre et quelques microns de longueur. Elles se divisent comme les bactéries et contiennent leur propre information génétique sous forme d’ADN. Elles sont constituées d’une double membrane : une membrane externe et une interne délimitant un espace intérieur appelé stroma. La membrane interne est repliée en crêtes mitochondriales. 
Les mitochondries contiennent un grand nombre d’enzymes intervenant dans la respiration cellulaire et la production de l’énergie de la cellule.