En section transversale, la racine est divisée en 2 parties. Comme dans la tige, la plus externe est l’écorce. Elle est cependant plus épaisse. En périphérie, elle est limitée par l’épiderme et vers le centre par l’endoderme, absent dans la tige, qui constitue une limite nette avec la partie plus interne. La partie plus interne de la racine est le cylindre central qui contient le péricycle, les tissus conducteurs et la moelle. Contrairement à la tige, le xylème et le phloème ne sont pas groupés en faisceaux : ils sont placés sur des rayons différents et alternes dans un cylindre central dont la limite périphérique est le péricycle qui se trouve au contact de l’endoderme. Le péricycle est constitué d’une seule couche de cellules. Il fonctionne comme un méristème secondaire et forme des racines latérales. La moelle qui est importante dans une structure primaire de tige est très réduite dans une racine, voire absente dans les cas où les rayons de xylème se rejoignent au centre du cylindre central.