Les Gymnospermes sont des plantes à graines (Spermaphytes). L’ovule n’est pas inclus dans un carpelle (organe caractéristique des Angiospermes) : il est nu et porté par une écaille (mégasporophylle). Selon Chaw et al. (2000), les Gymnospermes actuelles sont probablement monophylétiques et les Gnetales ne sont pas le clade-frère des Angiospermes. Les Angiospermes seraient sans doute apparues au Jurassique à partir d’un groupe de plantes fossiles telles que les Bennetitales ou les Caytoniales. – les Cycadales (Cycas, Zamia) sont les Gymnospermes basales, – les Ginkgoales sont le clade-frère du clade comprenant les Conifères et les Gnetales, – les Gnetales (Ephedra, Gnetum, Welwitschia) sont monophylétiques et nichés au sein des Conifères, – les Gnetales sont le clade-frère des Pinaceae. 
